問題点：記事だけ表示の時に広告が表示されない

このサイトも一部でそうだが。

ドメインを指定した時に表示されるサイト全体の時はJavaScriptの広告は表示される。
個別記事表示の時は一部のサイドバーとフッターの広告が表示されない。

ソースを見ると広告を表示するJavaScriptは入っている。
画面も広告は表示されないが、その分だけのスペースが空いて表示される。

これはテンプレート(テーマ)の問題か？
それともWordPress自体の問題か？

テンプレート(テーマ)を替えてテストして見るしかないですネ。（汗